وبعد وفاة الشيخ الحائري (قد) عام 1355هـ رجع إلى سماحة السيد الخونساري في أمر التقليد جمع من المؤمنين من أهالي قم وطهران وخونسار بعد تصديه للمرجعية، وكان آية الله العظمى الأراكي من القائلين بأعلميته حينها، فعندما سأله جمع من طلبة الحوزة العلمية: هل أن تقليد آية الله الخونساري مبرئ للذمة؟ أجاب: "إنني أراه الأعلم والأتقى"، كما أن شهيد المحراب الشيخ محمد علي الصدوقي كان يدعو إلى مرجعية السيد الخونساري.

وكتب آغا بزرك الطهراني عنه:

"عالم فقيه، من مراجع التقليد المشاهير". وبعد أن ذكر الأساتذة الذين درس عندهم قال:

"حتى برع وكمل وأصبح من المجتهدين المبرزين .....، وصارت له موقعية في النفوس لما كان يتمثل في شخصه من العلم والصلاح وحسن الأخلاق، وأخذ يشتهر يوما فيوما حتى أصبح من علماء قم المدرسين وأئمة الجماعة الموثقين، ورجع إليه الناس في التقليد من خونسار وطهران وقم وغيرها".

ولما يقرب من عشرة أعوام تصدى السيد محمد تقي الخونساري وآية الله السيد محمد حجت الكوهكمري (المتوفى سنة 1372هـ) وآية الله السيد صدر الدين الصدر (المتوفى سنة 1373هـ) لزعامة الحوزة العلمية في قم وتسيير شؤونها في الفترة الانتقالية ما بين وفاة الشيخ الحائري وقدوم السيد البروجردي إليها عام 1364هـ.

و حينما كان السيد البروجردي في طهران للعلاج كتب هؤلاء الأعلام الثلاثة إليه يطلبون منه الاستجابة لطلبهم بالقدوم إلى قم، فاستجاب إلى طلبهم وطلب جمع آخر من العلماء والوجهاء والتجار، وصار هو المتصدي الأكبر للحوزة العلمية في قم بحكم ثقله العلمي، وصار المرجع العام للشيعة بعد وفاة السيد أبو الحسن الاصفهاني عام 1365هـ، أي بعد وروده لقم بعام واحد.

وتقوية لموقع الحوزة العلمية كان السيد الخونساري حريصا على استقرار السيد البروجردي في قم، وينقل في هذا الخصوص أن جمعا من السادة والشخصيات البارزة في بروجرد قدموا إلى قم لكي يأخذوا السيد البروجردي إلى مدينته، فقال لهم السيد الخونساري: حكموا وجدانكم، فهل من اللائق أن يترك السيد البروجردي هذه الصلاة وهذا الدرس ويذهب إلى بروجرد وهي مدينة صغيرة، ولا يستفيد منه فيها إلا عدد محدود؟

كما كان حريصا أن يكون للسيد البروجردي موقع محوري للحوزة، إذ كان يرى ضرورة الالتفاف حوله وتقويته ليكون بمثابة القطب الأوحد للحوزة، يقول الشيخ المسعودي الخميني:

"أثناء زيارة السيد محمد تقي الخونساري إلى خمين في طريقه إلى بلدته خونسار التقيت به مع شخص آخر من العلماء، فقلت له: إنني عازم على السفر إلى قم بهدف مواصلة الدراسة، فقال لي: إن هذه فكرة حسنة كثيرا، ولكن حيث أن الحوزة العلمية تحت إشراف آية الله البروجردي، ولذا عليك تناول هذا الأمر معه".